مزار ملا اسماعيل
مزار ملا اسماعيل عقدايي در كنار مسجد ملا اسماعيل با مساحت تقریبی 400 متر مربع قرار دارد كه واقع در جنوب ميدان خان قرار دارد اين مزار در قرن سيزدهم به وجود آمده است و بنيانگذار آن ميرزا سليمان حسني طباطبايي است.
مزار مامانوك
این مزار درمحله اهرستان قرارداشته که بسیاری از عرفا را درخودجای داده است که از جمله می توان به شیخ الاسلام سعید فریدالدین عبدالباقی و شیخ الاسلام اعظم سعید شمس الدین محمد خلوتی اشاره نمود.
مزار كليميان
این مزار در قسمت جنوبی مزار جوی هرهر با مساحت تقریبی 22هزار متر مربع قرار دارد که با حصارکشی آجری و نصب یک در فلزی ازدیگر بخش های قبرستان قدیمی جوی هرهر متمایز گردیده است.
مزار قطب الاولياالسلام
از جمله مزارهایی است که در قرن پنجم در قسمتی از محله فهادان نزدیک بقعه دوازده امام کنونی مدفن احمد بن مهریزد بوده است. درتاریخ یزد در آنجا که از آثار شمس الدین محمد تازیکو سخن می رود اشارت مجملی هست که « مسجد چهل محراب را انشاء کرد خانقاه وعمارتی عالی بساخت وچهاردانگ ازقریه هنزا را وقف بر آن مسجد کرد
مزار فهادان
این مزار در محله فهادان یزد روبروی مدرسه ضیائیه قرار داشته که تا حدود 50سال پیش از آن استفاده می شده است و امروزه به عنوان یک فضای سبز در بافت تاریخی و درکنار مجموعه های بی نظیر بقعه دوازده امام و مدرسه ضیاییه نمایان است .
مزار غازيان و تازيان
این دو مزار از مقابر قدیمی یزد محسوب می شوند که درمجاورت یکدیگر قرارداشته بودند که در قرون گذشته براثر سیل از بین رفته است ، احتمالا محل قدیم آن درحوالی لرد تازیان بوده است .
مزار صالحين
در نزدیکی مزار امامزاده جعفر مزاری شریف و متبرک وجود دارد که بسیاری از بزرگان دین واولاد رضی در آنجا مدفون هستند .
مزار شيخ شكور
این مزار درکنار دروازه نو ( دروازه نو در دوره آل مظفر احداث گردید ودر دوره صفویه مسدود گردید ومکان دقیق آن مشخص نیست و احتمالا درخیابان امام خمینی پشت اداره مالیه سابق قرار داشته است ) و مدفن یکی از مشایخ قرن هشتم هجری به نام شیخ شکور بوده است .
مزار شيخ خليل آسوده
این مزار در قرن هشتم هجری از رونق خاص برخوردار بوده است اما هیچ یک از منابع تاریخ اشاه ای به محل آن ننموده اند همچنین تاریخ دقیق زندگی شیخ خلیل آسوده نیز مبرز نگردید وبه استناد تاریخ می توان گفت که این بقعه درقرن هشتم تجدید گرده و قبر چوبی آن بصورت آجری درآمده که اکنون اثری از آن باقی مانده است .
