آفات موزه، عوامل بیولوژیکی هستند که به مجموعه‌های موزه آسیب می‌رسانند. این عوامل شامل حشرات، کپک‌ها، موش خانگی و صحرایی، پرندگان و خفاش‌ها است.

روستای تاریخی فهرج در 22 کیلومتری جنوب شرقی یزد قرار دارد که جغرافی‌دانان مسلمان در قرن چهارم هجری از آن به نام "بهره" نام‌برده‌اند که دارای مسجد جمعه بوده است. نخستین بار اصطخری در مسالک و ممالک (تألیف 340 هـ. ق) بدان اشاره دارد و پس‌ازآن ابن حوقل (متوفی: 376 هـق) و ابن بلخی (تألیف 510 هـق) نیز تماماً مطالب اصطخری را نقل کرده‌اند، اما آنچه از مستندات و شواهد تاریخی برمی‌آید؛ عبور شاهراه تجاری و باستانی ری به کرمان یکی از مهم‌ترین دلایل رونق منطقه بوده است. منابع تاریخ محلی گرچه از نبرد مسلمانان در زمان خلافت عمر در این قسمت به‌تفصیل عنوان کرده‌اند و رنگ بوی اسلامی بدان داده‌اند اما آنچه هویت آن را مبرهن ساخته، وجود مسجد جامع بی‌نظیر با تک مناره آن است که از دور دست؛ چشم هر بیننده را به خود معطوف می‌سازد.