مزار شيخ شكور

این مزار درکنار دروازه نو ( دروازه نو در دوره آل مظفر احداث گردید ودر دوره صفویه مسدود گردید ومکان دقیق آن مشخص نیست و احتمالا درخیابان امام خمینی پشت اداره مالیه سابق قرار داشته است ) و مدفن یکی از مشایخ قرن هشتم هجری به نام شیخ شکور بوده است .

مزار شيخ خليل آسوده

این مزار در قرن هشتم هجری از رونق خاص برخوردار بوده است اما هیچ یک از منابع تاریخ اشاه ای به محل آن ننموده اند همچنین تاریخ دقیق زندگی شیخ خلیل آسوده نیز مبرز نگردید وبه استناد تاریخ می توان گفت که این بقعه درقرن هشتم تجدید گرده و قبر چوبی آن بصورت آجری درآمده که اکنون اثری از آن باقی مانده است .

مزار شرفيه

این مزار درجوار مسجد امیر چخماق قرار داشته و مدٿن شرٿ الدین علی یزدی می باشد بانی آن مولانا شمس الدین علی ( پدر شرٿ الدین علی یزدی) می باشد که جناب مخدومی نیز درکنار آن عمارت مدرسه ای را ساخت و به شرٿیه ملقب نمود. برادرزاده وی مولانا شمس الدین محمدنیز به تعمیر مدرسه و خانقاه شرٿیه پرداخت .

مزار سيد عضد

 این مزاردرمحله نرسو آباد ( = نرسی آباد و نصرآباد امروزی که حد فاصل باغ دولت آباد ، محله جنت آباد ، محله شیخداد و کثنویه قرار دارد ) و مدفن سید عضدیزدی یکی از بزرگان دینی و شاعر قرن هشتم هجری بوده است که امروزه اثری از آن باقی نمانده است . سید عضدالدین محمد یزدی معروف به سید عضد از دانشمندان بزرگ صوفیه و ثروتمندان دوران حکومت سلطان اولجاتیو و ابوسعید بهادرخان بوده است همچنین نوشته اند که وزارت آل مظفررابرعهده داشت .

مزار سرقبر كشتي گيران

این مزار مدفن خاندان روغنی می باشد که درمیدان خواجه ضیاءالدین محمد ( کوچه سر پلک کنونی ) قرارداشته و اکنون اثری از آن باقی نمانده است .

مزار زرتشتيان

 زرتشتيان كه بيشترين گروه اقليت را در يزد شامل مي شوند( به گفته سهراب فیروزفرد –  مسئول انجمن زرتشتیان یزد-  تعداد زرتشتیان مقیم یزد درحال حاضر 6750 نفر می باشد)  درگذشته مردگان خود را درمكاني به نام دخمه مي گذاشتند .اما تا حدود 30 سال پیش تاکنون در قسمت پایین دخمه های دوگانه صفائیه ، زرتشتیان مردگان خود را دفن می نمایند .

مزار پير برج

مزار پیر برج درمحله ای به همین نام و درمحل کنونی بقعه شاهزاده فاضل قرار داشته است . بطور کلی دراین مکان یکی از چهار دروازه قدیمی یزد قرار داشته (دروازه کیا یکی از چهار دروازه ای است که درزمان علاءالدوله کالنجار _حکومت آل کاکویه _ وتوسط سرهنگان او ساخته شد) . که دورتادور آن حصار قدیم یزد( درزمان اتابکان ) کشیده شده بود درزمان حکومت آل مظفر ، امیر مبارزالدین محمد به حفر خندق را دور زد بنابراین آن مکان به پیر برج اشتهار یافت .

مزار باغ مولائي

این مزار در نزدیکی دروزازه کوشک نو برکنار خندق بوده است ومولانا شمس الدین ابوبکر رضی براموات وقف کرد. و بسیاری از مردم صالح زاهد آنجا مدفونند منجمله شیخ زاهد ، شیخ احمد حق مددکازرونی ( که به مدت چهل سال درغرفه مسجد جامع معتکف بود ) ومولانا عزالدین ابراهیم فیروزانی ( ازفضلای عصر بود و به مدت چهل سال به تفسیر کامل قرآن پرداخت و پادشاهان بنی مظفر درپای منبر موعظه او حاضر می شدند ونزدیک به شصد هزار ابیات عربی و فارسی را حفظ داشت وی درسال 798هجری درسن 84 سالگی درگذشت ودرباغ مولائی دفن گردید ) و مولانا حاجی علی روید شتی (از فضلای زمان و بزرگان دین بود ) که درجوار شیخ احمد حق مدد و شیخ جلال الدین زاهد دفن می باشد .

مزار باغ كمال كاشي

این مزار از مقابری است که در قرن هشتم هجری شکل گرفت و موطن بسیاری از بزرگان وعرفا گردیده است . باتوجه به استناد تاریخ مکان ان درضلع غربی کنونی مسجد جامع کبیریزد بوده است که درحال حاضر هیچ اثری ازان نیست وتنها بقعه ای معروف به سادات قل هو الهی از آن باقی مانده است .«این باغ را محمد ابن مظفر تجرید ووقف مقابر مسمانان کرد وآن باغی مشجرومکروم بود ودرسال ستین سبعمائه از مالکان بخریدو وقف کرد برمومنین ومومنات بیشتر غربا و شهدا آنجا مدفونند واسد ابن طغانشاه آنجا مدفونست »